Nascido em Santos, em uma família abastada, a 13 de junho de 1763, José Bonifácio seguiu o destino da maioria dos jovens brasileiros com recursos, foi estudar em Portugal, na Universidade de Coimbra. Lá teve sólida formação em Direito, Ciências Naturais, Filosofia e Matemática. Discípulo do naturalista italiano Domênico Vandelli, o brasileiro se tornou pesquisador naturalista, mineralogista e professor em Coimbra durante muitos anos. Entre os diversos cargos que exerceu em Portugal, estava o de diretor dos bosques nacionais.
Em 1790, dentre a linha de raciocínio dos naturalistas da época, José Bonifácio publicou "Memória sobre a pesca da baleia e a extração do seu azeite", onde pontuava que a destruição do meio ambiente, com a consequente redução do número de baleias na costa brasileira, era um preço caro a pagar para o pouco retorno econômico que essa atividade gerava.
Em 1819, José Bonifácio retornou ao Brasil e, apesar de ser convocado pelo rei para participar do governo no Rio de Janeiro, preferiu retornar a sua província, onde acabou entrando para o governo de São Paulo. Em 1821, José Bonifácio publicou “Lembranças e apontamentos do Governo Provisório para os senhores deputados da província de São Paulo”, onde sugere a criação de uma "Direção Geral de Economia Política", órgão responsável por obras públicas, minas, bosques, agricultura e fábricas. Seria um grande ministério reunindo as áreas de meio ambiente, infraestrutura e agricultura que trabalharia em prol do desenvolvimento do Brasil de maneira sustentável. A proposta nunca saiu do papel.
Em 1822, Bonifácio tornou-se ministro e conselheiro do príncipe regente e futuro imperador D. Pedro I, sendo um dos incentivadores da proclamação da Independência. As divergências políticas entre o jovem imperador e José Bonifácio levaram este a sair do governo e a assumir seu posto como deputado constituinte. Com o fechamento da assembleia por D. Pedro I em 1823, ele e seus irmãos foram degredados do Brasil, indo para o exílio na Europa. Bonifácio retornou ao Brasil em 1829, vivendo retirado da corte e da vida política. Com a abdicação do imperador em 7 de abril de 1831, José Bonifácio se tornou tutor dos príncipes, cargo que exerceu até ser retirado preso por conspiração do Palácio de São Cristóvão em dezembro de 1833. Ele morreu em sua casa na Ilha de Paquetá a 6 de abril de 1838.
Durante os seus estudos, ele descobriu um mineral que foi batizado como andradita. Seu perfil político é sempre bem lembrado, mas suas ideias a respeito do meio ambiente são pouco mencionadas. É dele a frase “Destruir matas virgens, como até agora se tem praticado no Brasil, é crime horrendo e grande insulto feito à mesma natureza. Que defesa produziremos no tribunal da Razão, quando os nossos netos nos acusarem de fatos tão culposos?". Em um artigo em 1823, Bonifácio atestou que, caso o Brasil não tomasse providências para preservar seus recursos naturais, em menos de dois séculos nos transformaríamos nos "páramos e desertos áridos da Líbia. Virá então este dia, (dia terrível e fatal), em que veremos nossos recursos naturais se exaurirem"
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